Raphael Alpermann ist Absolvent der Berliner Musikhochschule „Hanns Eisler“. Dem regulären Studium folgte eine Ausbildung in der Meisterklasse der Akademie der Künste in Berlin.
Während dieser Zeit nahm er zusätzlich Unterricht bei Gustav Leonhardt und Ton Koopman.
Er gehört der Akademie für Alte Musik Berlin seit ihrer Gründung 1982 an. Bei vielen Konzerten und Aufnahmen des Ensembles wirkte er als Solist mit. 1995 debütierte er bei den Berliner Philharmonikern mit einem Konzert von Bach. Seither ist er immer wieder Gast dieses Orchesters sowie anderer namhafter Ensembles. Er arbeitete u.a. mit den Dirigenten Claudio Abado, Simon Rattle und Nikolaus Harnoncourt, mit den Solisten Thomas Quasthoff, Albrecht Mayer und Emmanuel Pahud zusammen.
Konzertreisen führten ihn in viele der bedeutendsten Konzertsäle auf fünf Kontinenten und zu Festivals weltweit. Weit über 100 CDs spielte er in verschiedenen Besetzungen ein, etliche davon wurden mit namhaften Preisen ausgezeichnet.
Raphael Alpermann unterrichtet an der renommierten Berliner Hochschule für Musik und ist künstlerischer Leiter des Jugendbarockorchesters „BACHS ERBEN“.